Малката по територия планина е интересна в хидроложко отношение с факта, че водите й попадат в два водосборни басейна – на Черно море, чрез р. Искър и Бяло море, чрез р. Струма. Реките, които извират от Люлин, са къси и маловодни и при летните максимални температури пресъхват. Най-голяма река е Люлинска, която събира водите си от най-високите части на планината между в. Дупевица и местността Пърчевица.
            Останалите малки реки се захранват от извори и носят имената на селата и кварталите, през които минават. Това са: Михайловска, Суходолска, Вердикалска, Малобучинска, Градоманска, Тева.
            Водните ресурси са ограничени. Годишната сума на валежите е 600 мм и характеризира планината като относително безводна.
            Снежната покривка се задържа от 60 до 80 дни, с дебелина от 1 до 1,5 м.
            Стръмните склонове и слабата залесеност превръщат дълбоките долове и малките рекички в унищожителни порои. Образуват се свлачища от земни маси и единични дървета, които отнасят изградените пътеки и мостове в планината.
            Изворите в планината са каптирани и на надм. вис. 950 м са из цялата територия. Селищата, разположени в ниските части на Люлин, са известни като национални балнеоложки центрове с лековита минерална вода – Княжево, Горна Баня и Банкя.
            Над с.Драгичево върху свлачищна тераса е разположено малко езеро с правоъгълна форма и размери 30х50 м. То е оградено с водолюбива растителност и с малка свободна водна площ в средата. От него изтича поток – Модра, който се влива в Драгичевската река.
Местността Жаратинско блато до Суходол ни дава основание да считаме, че в миналото някои територии от Люлин не са били безводни. Тресавища могат да се наблюдават над санаториума във Владая и до Банкя. В най-западната част на 800 м надм. вис. е изграден язовир Мещица. Други микроязовири са пръснати в близост до земеделските земи.